在多种生物中已发现染色质解旋酶DNA结合蛋白 (CHD) 1,2)。这个九种蛋白质家族分为三个独立的亚家族：亚家族 I（CHD1 和 CHD2）、亚家族 II（CHD3 和 CHD4）以及亚家族 III（CHD5、CHD6、CHD7、CHD8 和 CHD9）。所有 CHD 蛋白包含两个串联的氨基末端克罗莫结构域，一个 SWI/SNF 相关的 ATP 酶结构域和一个羟基末端的 DNA 结合结构域 (1,2)。克罗莫结构域有助于与组蛋白的甲基化的赖氨酸残基结合，并且可与染色质的特异区域发生相互作用。SWI/SNF 相关的 ATP 酶结构域可利用来自 ATP 水解的能量去修饰染色质结构。CHD 蛋白通常存在于一些大的多蛋白复合物中，CHD 蛋白的转录激活或者活性抑制受这些复合物中其他蛋白影响。CHD3（又称为 Mi2-α）和 CHD4（也被称为 Mi2-β）是核小体重塑和组蛋白脱乙酰化酶 (NuRD) 转录抑制复合物的核心组分，该复合物也含有 HDAC1、HDAC2、RBAP48、RBAP46、MTA1、MTA2、MTA3 和 MBD3 (3-8)。CHD3 和 CHD4 含有植物同源的 (PHD) 锌指结构域，可直接与 HDAC1 和 HDAC2 结合。